学院由原内蒙古商业学校（1952年建校）、原内蒙古粮食学校（1956年建校）和原内蒙古工业美术设计学校（1955年建校）先后合并组建而成。1952年10月，内蒙古商业学校在乌兰浩特成立。1955年内蒙古工业美术设计学校成立。1956年内蒙古粮食学校成立。

1979年4月23日，内蒙古自治区革命委员会内革发[1979]100号，批准恢复内蒙古商业学校和内蒙古粮食学校。内蒙古商业学校与内蒙古兽医卫生技术学校一个机构两个牌子，当年招生161人。

位于乌兰察布东路2路车终点站南桥靠幸福村的新校区落成，称为桥靠校区。学校整体搬迁，办学条件和环境发生了天翻地覆的变化。

学校于1993年被自治区人民政府命名为“内蒙古自治区重点普通中专学校”，同年被国内贸易部命名为“部级重点中专学校”。

1998年6月包头供销学校整建制并入内蒙古商业学校。

1999年，内蒙古商业学校晋升为“国家重点中专学校”。

5月16日自治区政府内政字[2001]87号，决定将内蒙古商业学校和内蒙古粮食学校合并办学，建立新的内蒙古商业学校。内蒙古商业学校与内蒙古财经学院联办高等职业教育，批准高职招生计划500人。

2002年12月内蒙古教育厅内接外字[2002]99号文件批准，同意内蒙古商业学校招收蒙古国学生28名。从此学校开创了自治区中专学校招收国外留学生的先河，成为当时全区中专领域第一家与国外合作办学的学校。

2003年5月16日，内蒙古自治区人民政府内政字[2003]158号批准，并经教育部备案，在合并内蒙古商业学校和内蒙古工业美术设计学校的基础上组建内蒙古商贸职业学院。学校由此步入高等教育的行列，驶入职业教育高速发展的快车道。

2009年6月，罗家营校区落成，学校整体搬迁。新区占地916亩，在校生规模按10000人设计，单体建筑物21栋，能够满足教学、实训、工作、生活、体育运动及各类服务，设施设备配置具有先进性和前瞻性。各类服务满足师生需求，配套齐全。

2013年12月，学院被确定为自治区级示范性高等职业院校建设单位。

2018年3月，学院通过首批自治区级示范性高职院校建设项目验收。

学院成功跻身为国家优质校和教育部现代学徒制试点建设单位。